Localizada na praça central de São Tomé das Letras, sua construção iniciou-se em 1785, por iniciativa do português João Francisco da Junqueira. Na parte interna da igreja encontra-se pinturas de José Joaquim da Natividade, discípulo de Aleijadinho. Fotos e filmagens são proibidas no interior da igreja. O principal destaque vai para a nave central, cujo afresco retrata Jesus Cristo cercado pelos apóstolos. O chão é de assoalho e o altar-mor é talhado em madeira. Outro fato interessante é o cemitério que se localiza ao lado da igreja. No próprio pátio da igreja são encontrados algumas lápides, inclusive um túmulo em frente a igreja.
História
João Antão, escravo da Fazenda Campo Alegre, resolveu fugir e se esconder em lugar seguro após descoberto um caso que tinha com a irmã de seu senhor. Abrigou-se então em uma gruta no alto da serra, alimentando-se de frutos e raízes, caça e pesca. Certo dia, apareceu ao escravo um senhor de vestes brancas, que lhe escreveu um bilhete, dizendo-lhe que entregando ao seu amo, este o perdoaria. Ao ler o bilhete o fazendeiro lhe ordenou que o levasse até a gruta. Lá chegando encontraram em seu interior uma imagem de São Thomé, entalhada em madeira. Por ser de profunda religiosidade, João Francisco Junqueira levou a imagem para a sua casa. Esta, por sua vez, sumiu e reapareceu na gruta; e assim por várias vezes. Acreditando ser um milagre, o fazendeiro mandou erguer uma capela onde mais tarde (1785) foi construída a Igreja Matriz.
Cemitério Aéreo
O cemitério é contemporâneo à igreja, datando-se do século XVIII. Devido ao solo rochoso da cidade, a solução encontrada naquela época para sepultamentos no local foi o aterro de um terreno contíguo à igreja a sete palmos acima do solo original. A terra foi trazida de áreas próximas no lombo de burro.
Igreja Nossa Senhora do Rosário - A Igreja de Pedra

Pirâmide
Construída sobre as bases do antigo cruzeiro, em alvenaria de pedra aparente, sem argamassa, em 1978.
Localizada no Parque Municipal Antônio Rosa, trata-se de uma construção de forma piramidal, com janelas que proporcionam visão de diversas montanhas da região. No interior, várias passagens dão acesso aos diversos pontos da pirâmide. É um excelente local para observar a cidade, os vales e as montanhas, com uma visão de 360º.
A Pirâmide convida os visitantes a meditar sobre a vida e a grandiosidade das forças naturais, com a belíssima visão de vales e montanhas que se perdem de vista.
Cruzeiro
O Cruzeiro da cidade localiza-se no Parque Municipal Antônio Rosa, dentro da cidade. Trata-se do ponto mais alto da cidade, de onde se têm uma visão fantástica das maravilhas que a natureza oferece. Com uma visão rica em cores, montanhas e vales são abundantes, fazendo com que muitos acreditem que São Thomé das Letras será responsável pela formação de uma civilização futura, mais consciente. Do cruzeiro, avista-se uma vasta vegetação, paredões fantásticos além da torre da igreja matriz.